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<p>2019년 5월 24일 금요일</p>
<p>1. 현재 KOREF PacBio 30x reads로 falcon v1.3을 이용하여 KOREF 를 조립하고 있습니다.</p>
<p>2. CANU assembler 튜토리얼을 돌리는 중입니다.</p>
<p>3. 은해씨에게서 Baltic Genome project 를 인수인계 받았습니다.</p>
<p> </p>
<p>2019년 5월 20일 월요일</p>
<p>1. 간암 액체생검 프로젝트는 영준씨에게 인수인계했습니다.</p>
<p>2. 현재 KOREF PacBio 30x reads로 falcon v1.3을 이용하여 KOREF 를 조립하고 있습니다.</p>
<p>3. CANU assembler도 이용하여 다른 KOREF assembly를 조립해서 위의 것과 비교할 겁니다.</p>
<p> </p>
<p>2019년 5월 13일 월요일</p>
<p>1. 간암 액체생검 유전체에서 아이언 토렌트 어댑터가 제거되었는지 확인하고 있다면 제거할 예정입니다.</p>
<p>2. NGSQC pass를 시켜보고 기존의 것들과 차이가 있다면 pass된 read들로 새로 alignment를 할 예정입니다.</p>
<p>3. 그 뒤에는 sample별로 depth를 뽑아서 normalize를 할 겁니다. (depth barcode 비교를 위해서)</p>
<p>4. depth 분포를 봐서, region별로, chromosome별로 bias가 있는지 확인할 겁니다.</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>2019년 4월 19일 금요일</p>
<p>2. We(희수 and I) are making various workflow to assemble and phase Koref PacBio reads with Hi-C data as well as falcon</p>
<p> </p>
<p>2019년 5월 6일 월요일</p>
<p>1. I am still collecting information about cfDNA, CTC-DNA and making stats for bam files to make a new strategy for analyzing liquid biopsy of liver cancer.</p>
<p>2. I run a tutorial of falcon to run falcon for assemble KOREF PB long reads in next week.</p>
